发酵饲料通过生化反应，有效的把饲料原料分解转化成葡萄糖和氨基酸，缩短了饲料在动物消化道内的转化链，进而使得饲料中各种有效的成分迅速、有效的被吸收利用，可提高饲料的利用率。发酵后粗脂肪、有机酸的增加又增加了日粮中的能量，也是提高增重和饲料转化率的因素。
    发酵饲料的多种微生物活菌能大量吸收动物难以利用的有机氮、无机氮，使之转化成为多种菌体蛋白质即蛋白饲料，显着增加了饲料营养成分，降低了饲料成本。
    饲料在发酵后，产生天然的酸香味，能刺激动物的食欲，促进消化液的分泌，提高消化酶的活性，加速饲料营养成分的分解，从而促进营养物质的吸收，使得所养鱼虾采食量和采食速度提高。
    由于水产养殖的特殊性，多种有益菌在投放到水体中，通过氧化、氨化、硝化、反硝化以及固氮作用，快速降解水体中积累的大量有机物（如残余饵料、 养殖动物的排泄物）和动植物残骸产生的有毒有害气体（如氨气、硫化氢等），降解过程中能够产生的多种直接被水中浮游植物充分利用的无机盐，水中大量繁殖的 浮游植物又能进一步降解有害物质，改善养殖水体的各项指标，从而净化水质。促进了鱼虾的生长。水产养殖动物长期生活在水中，受环境因素的影响较大，接触到 有害菌的机会也多。在鱼虾肠道内建立一个良性循环的微生物系统，是抵御病原性感染的有效方式之一。