益生菌掺入饲料和饮水进入动物肠道后，与肠道内有益菌一起形成强有力的优势种群，抑制和消灭致病菌群，同时分泌与合成大量氨基酸、蛋白质、维生素、各种生化酶、抗生素、促生长因子等营养与激素类物质，以调整和提高猪只机体各器官功能，提高饲料转化率，对猪只产生免疫、营养、生长刺激等多种作用，达到防病治病、提高成活率、促进生长和繁殖、降低成本、消除粪尿臭味、净化环境、增产增收等明显效果。其具体作用表现为：
  1、提高饲料转化率，降低成本
　 经EM益生菌发酵或处理过的饲料大分子有机物被分解为小分子有机物，更有利于动物体的吸收利用，加之菌体本身及其合成分泌的活性酶等物质均大大提高了饲料的营养价值。经测定，全能益生菌发酵饲料中所含18种氨基酸总量明显增加，且适口性好，猪只喜食。饲喂益生菌饲料一般可使料肉比下降10～20％。
　 2、对各种常见病有奇特的防治效果
　 益生菌能提高猪的免疫力和抗病性，降低发病率。增进动物健康，有效控制预防痢疾、球虫、大肠杆菌及呼吸系统疾病发生。
　 3、促进生长，提高日增重
　 缩短饲养时间乳猪较常规饲养日增重增加40％以上，育肥猪一般可提前10天上市；对僵弱猪能改善生长性能，逐步恢复到正常猪的生长速度。
　 4、除臭、降氨，改善饲养环境
　 饲料中长期添加全能益生菌，有益微生物在大肠中产生氨基酸、氧化酶及硫化物分解酶，将产生臭气的吲哚类化合物完全氧化，将硫化氢氧化成无臭无毒的物质。使养殖臭气、氨气含量显著下降，场内外无氨、臭味。