微生物发酵饲料是活菌制剂，各种不良因素均能使其活性降低，甚至丧失作用。使用微生物发酵饲料的关键是保证这些微生物被混入饲料后，能保持活性，直至被采食进入动物肠道，并在肠道相应的部位定位繁殖。在饲料加工、贮存过程中，诸多因素都会对活性保持有不利影响，影响程度视微生物种类及形式不同而异。

1、水分：微生物在干的状况下，存活情况较好;水分升高、时间延长，存活率降低。不同细菌对水分的耐受力明显不同，孢子型细菌耐受性更好，肠球菌、粪链球菌次之，乳酸杆菌再次之，酵母对水分的耐受性较好。

2、氧气：将微生物发酵饲料置于氧气下，厌氧非孢子化的微生物，无疑易遇毁坏。乳酸杆菌露空耐受性较差，可与脱氧剂密封保存。

3、温度：当温度升到适量的程度时细菌复活，因养分耗尽而死亡。环境温度过高时，菌体也因蛋白质变性死亡。

4、湿度：湿度过大，空气中有些细菌会感染活菌制剂，使活菌细胞遭到破坏。

5、紫外线：紫外线能杀死细菌，故益生菌**干燥避光保存。