虽然大量试验表明，在上添加微生物发酵饲料有利于提高畜禽的生长性能、健康状况和经济效益，具有较好的应用价值等诸多优点，但是由于我国的技术水平比较落后，存在着一系列的问题。

　　我国发酵饲料比国外发展晚，设备落后，缺乏的技术人员。目前，我国发酵饲料厂家规模比较小，没有检测、监控条件，设备不完善，技术人员对发酵饲料行业的知识了解的比较少，这样使得出来的发酵饲料存在安全隐患。由于发酵饲料厂家规模有限、资金周转量少，某些厂家不在正规单位购买菌种，因此用于发酵的菌种可能含有杂菌，导致了发酵饲料营养水平低下。

　　消毒、灭菌是发酵饲料的重要环节，是决定发酵饲料成功与失败的关键，但是很多厂家还没有建立起一套完整健全的管理制度，例如仓库管理不当、环境卫生差等都会影响发酵饲料的质量。发酵饲料厂家规模小、技术相对落后，的发酵饲料产品纯度低、菌种较杂，动物食用后会出现腹泻等症状，并在饲料中增加杆菌肽锌和金霉素等抗生素药物的使用，大量使用生长促进剂，给畜禽产品带来药物残留的问题。因此，就目前来看，我国的发酵饲料技术、设备、添加量和使用模式等各方面都还落后于欧美等**。