发酵中药是将天然药物（中药）提取液以优选的肠道益生菌菌群中一种或几种、一株或几株益生菌作为菌种，利用微生态学、仿生学的方法，通过生物嫁接的方式，在体外模拟人体的肠道环境和中药成分在人体内的消化分解过程，对提取的中药有效成分进行生物学转化，将中药的大分子物质，经过微生物转化成为能够被人体肠道直接吸收的小分子成分，使中药成为快速吸收、定量疗效的新型药物。

   在传统的中药中的中药炮制就利用了天然微生物中药发酵以提高中药药效医学教育|网搜集整理、消除中药毒副作用、改变中药药性。例如：六神曲、淡豆豉、半夏曲等传统中药均由天然微生物发酵而成。传统的发酵中药采用天然微生物发酵，菌种不纯，代谢理论、药效成分理念模糊不清，可控性差。