1、抑制有害菌的生长

　　发酵饲料一般都在缺氧条件下，在饲料中添加枯草芽孢杆菌、植物乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、啤酒酵母菌等厌氧或兼氧有益微生物进行发酵。在发酵过程中会产生以乳酸为主的多种有机酸，使饲料的pH降低，一般在4.5左右。这就破坏了中性、好氧的有害菌生长的环境，抑制了其生长。

WINSEN等研究表明，饲料经发酵后pH下降到4.0以下，发酵饲料中沙门氏菌的大量减少可能是因为乳酸和乙酸的增加以及低的pH。李维炯等研究证明，饲料发酵4 d后，pH由7.0下降至5.0以下成为酸化饲料，有利于保持胃肠道的酸性环境，既减少了有害微生物的作用和对养分的消耗，又大大降低了消化道疾病尤其是腹泻的发生率。

2、竞争抑制作用

　　发酵饲料中的益生菌进入肠道后，与病原菌和有害菌竞争营养物质、生存空间，抑制病原菌的生长、繁殖。

　　郑跃杰等研究表明，双歧杆菌与肠上皮细胞系Lovo细胞黏附后对肠致病性大肠杆菌(EPEC)及产毒性大肠杆菌(ETEC)黏附的竞争性抑制作用。发现双歧杆菌能完全抑制EPEC与ETEC的黏附，这种作用可能是由于双歧杆菌的占位性保护机制，在空间上阻止了病原菌与Lovo细胞的进一步接近。有些有益微生物可以产生酶类，如双歧杆菌和乳酸杆菌产生的胞外糖苷酶可以阻止细菌毒素在上皮细胞黏附和侵入。

3、营养作用

　　饲料发酵后产生的有机酸可以促进矿物质的吸收和利用。另外很多益生菌繁殖时会产生各种酶，如蛋白酶、淀粉酶和脂肪分解酶、水解酶、果胶酶、葡聚糖酶、纤维素酶、植酸酶等活性消化酶，促进了动物对饲料的消化和利用。另外，发酵饲料中的有益菌还在肠道内代谢产生几种B族维生素。

4、增强抗毒抗病能力

　　微生物发酵饲料中的有益微生物可以作为一种非特异免疫调节因子，通过细菌本身或细胞壁成分刺激并激活宿主免疫细胞，促进吞噬细胞活力或作为佐剂发挥作用。